مرحله تعقیب یکی از مراحل مهم دادرسی کیفری می‌باشد که تاثیر به سزایی در مراحل بعدی دادرسی کیفری دارد. امروزه در نظام‌های حقوقی مختلف، با دادن اختیارات صلاحدیدی گوناگون به مقامات تعقیب، سعی در این است که پرونده‌های وارده فیلتر شده و جرایم سبک در همان مراحل اولیه از فرآیند رسمی کیفری خارج شود و از این طریق فرصت برای رسیدگی به جرایم مهم فراهم شود. راهکاری که برای اعمال این اختیار پیش‌بینی شده است، جایگزین‌های تعقیب می‌باشد. در نظام حقوقی ایران به موجب قانون آیین دادرسی کیفری مصوب 1392، جایگزین‌های تعقیب پیش‌بینی شده است. در این مقاله درصدد هستیم با روش توصیفی-تحلیلی، چالش‌های نظام تعقیب در حقوق ایران چیست و راهکارهای برون رفت از آن چه می‌باشد و این که الگوی کارآمد تعقیب چیست. نتایج تحقیق حاکی از آن است که قلمرو جایگزین‌های تعقیب در نظام حقوقی ایران بسیار محدود است و در مواردی نیز که این جایگزین‌های پیش‌بینی شده است، در عمل به لحاظ عدم اطلاع کافی مقامات تعقیب، استفاده چندانی از این جایگزین‌ها نمی‌شود. همین امر باعث شده است که هیچ سنجشی در به مصلحت بودن یا نبودن تعقیب صورت نگیرد و برخورد با جرایم در مرحله تعقیب یکسان باشد و هیچ گونه فیلتری اتفاق نیافتد. در راستای رفع این چالش‌ها باید قلمرو جایگزین‌های تعقیب توسعه داده شود و آموزش‌های لازم به مقامات تعقیب ارائه گردد.